אתר פנגו, עומד בתקן PCI הבינלאומי המחמיר לאבטחת מידע
של ויזה ומאסטרקארד לשמירת כרטיסי אשראי, באופן המאובטח ביותר.

אפליקציית פנגו לאייפון ולאנדרואיד, כולל התשתיות, מתוכננות במחשבה על בטחון מידע הלקוחות, והגנה על פרטיותם.
פרטי האשראי נשמרים על גבי שרתים הנמצאים בסביבה מבודדת ומאובטחת על פי התקן, כשפרטי האשראי מועברים לסליקה לאחר הצפנה בפרוטוקול SSL.